فمع كل ما ذُكر من فوائد لحبوب الخميرة، إلا أنه يوجد بعض الحالات التي لا يجوز معها إستخدام تلك الحبوب؛ وهذا نظراً لما قد تسببه من مضاعفات ضارة للجسم، فيمنع تناولها في الحالات التالية: