هناك بعض المشكلات الصحية التي تسبب قصر القامة لدى الطفل، وهي:
إن وجود مشكلة في الجهاز الهضمي يمكن أن تؤدي إلى خلل في الإمتصاص، وبالتالي لا يحصل جسم الطفل على العناصر الغذائية الهامة التي يحتاجها للنمو بصورة طبيعية، ويصاب بقصر القامة.
عندما لا تقوم الغدد الصماء بأداء وظائفها بصورة طبيعية، مثل نقص هرمون الغدة الدرقية، فسوف يؤثر هذا على قيام مختلف أعضاء الجسم بوظائفها، ويمكن أن يؤدي لقصر القامة.
تسبب خللاً في الامتصاص. كما يمكن أن تكون المشكلة في الكليتين أو الغدد أو في قلة التغذية.
يعد نقص هرمون النمو من المشكلات الرئيسية التي تسبب قصر القامة، حيث لا يقوم الجسم بانتاج ما يكفي من هرمون النمو.
يعاني بعض الأطفال من فقدان الشهية ورفض الطعام منذ الصغر، مما يعيق الحصول على العناصر الغذائية والفيتامينات الهامة لنمو الجسم.
ويتسبب هذا في قلة الوزن بشكل ملحوظ، بالإضافة إلى ضعف الجسم بما فيها العضلات والعظام، وكذلك قصر القامة.
في حالة الإصابة بتشوه العظام أو وجود مشاكل في العظام، مثل مرض لين العظام، فيمكن أن يؤثر هذا على الطول.