إن أسباب ألم الكلى كما سبق وذكرنا عديدة ومتنوعة، وهذه أهمها:
1- التهاب أو عدوى في الكلى
قد تتسبب بعض أنواع البكتيريا في التهاب بولي يمتد لكلية واحدة أو للكليتين مسبباً التهاباً مؤلماً، في حالة تسمى التهاب الحويضة والكلى.
ومن أعراض التهاب الحويضة والكلى الشائعة الأخرى عدا ألم الكلى: تعب وإرهاق، قشعريرة، حرقان البول، دم في البول، حاجة متكررة للتبول، غثيان وتقيؤ.
2- انسداد الكلية
قد تنشأ حالة انسداد الكلى كنتيجة لوجود انسداد في مجرى البول، وقد يكون الانسداد الحاصل في المثانة أو الإحليل ومع ذلك فإنه يؤثر على الكلى ويسبب ألم الكلى، وقد يتسبب انسداد الكلى بنشأة حالة خطيرة تسمى موه الكلى.
وأسباب حصول انسداد الكلى عديدة ومتنوعة، مثل: حصى الكلى، حصى المثانة، التهابات المسالك البولية، سرطانات الجهاز البولي، الحمل.
3- الأورام والأكياس
لا تتسبب الأورام أو الأكياس في الكلى عادة بأي ألم في الكلى إلا في حال أصبح حجمها أكبر من الطبيعي بشكل يخل ببنية الكلية وحجمها الطبيعي، كما في حالات خاصة مثل: الكلية متعددة الكيسات، سرطان الخلية الكلوية.
وإذا كان سبب الألم الحاصل ورماً سرطانياً في الكلى فقد يترافق ألم الكلى مع خسارة ملحوظة في الوزن.
4- التعرض لحادث
قد يتسبب حادث أو صدمة قوية مباشرة على الكلى في ظهور الألم، كما أن اختراق أداة حادة للكلى بالطبع يسبب الألم.
ومع موقع الكلى في الجسم (الخاصرتين) فإنهما عرضة بشكل كبير للإصابات والصدمات والجروح، وقد لا يشعر المصاب بألم في الكلى إلا عند قيامه بلمس المنطقة فقط.