يعتقد أن السبب الرئيسي في تشكل كيس بارثولين هو انسداد في قنوات غدد بارثولين بسبب تضرر هذه القنوات بإصابة معينة أو تهيجها أو نمو إضافي في الجلد.
ومن الأسباب الأخرى المحتملة هي حدوث عدوى بكتيرية مثل أنواع البكتيريا المنقولة جنسيًا التي تسبب مرض السيلان أو الكلاميديا أو بسبب البكتيريا الإشريكية القولونية (E. coli).
يمكن لأي امرأة أن تصاب بكيس بارثولين إلا أن الفئة العمرية الأكثر عرضة هي ما بين عمر 20 -29 .