الإسلام هو الديانة الأكثر انتشارا في طاجيكستان ويشكل المسلمين 98% يشكل السنة منهم ما يقارب 90% من والشيعة 3%، بينما 7% هم مسلمون بلا طائفة، كما يوجد هناك من يدينون بالمسيحية الأرثوذكسية الروسية، إضافة لمجموعات مسيحية أخرى وأقلية يهودية.
وقد تم الاعتراف بالمذهب الحنفي كمذهب رسمي من قبل الحكومة منذ عام 2009.وتعتبر طاجيكستان نفسها دولة علمانية مع الدستور الذي ينص على حرية الدين. أعلنت الحكومة اثنين من الأعياد الإسلامية، عيد الفطر وعيد الأضحى، والعطل الرسمية في الدولة. ووفقا لبيان وزارة الخارجية الأمريكية ومجموعة أبحاث بيو، فإن عدد سكان طاجيكستان هو 98٪ مسلم. ما يقرب من 87٪ -95٪ منهم هم من السنة وما يقرب من 3٪ من الشيعة و ما يقرب من 7٪ من المسلمين غير طائفي.2٪ المتبقية من السكان هم من أتباع الروسية الأرثوذكسية والبروتستانتيةوالزرادشتية والبوذية. والغالبية العظمى من المسلمين يصومون خلال شهر رمضان، على الرغم من أن حوالي الثلث فقط في الريف و 10٪ في المدن مراقبة الصلاة اليومية والقيود الغذائية.
عاش اليهود البخاريين في طاجيكستان منذ القرن2 قبل الميلاد، ولكن اليوم لم يتبقي منهم الكثير. في 1940، والجالية اليهودية في طاجيكستان تحصي بما يقرب من 30،000 شخص. معظمهم كانوا من اليهود البخاريين الناطقين بالفارسية الذين عاشوا في المنطقة منذ آلاف السنين جنبا إلى جنب مع اليهود الاشكناز من أوروبا الشرقية الذين أعيد توطينهم هناك في الحقبة السوفيتية. والآن يقدر عدد السكان اليهود أقل من 500، نصفهم تقريبا يعيشون في دوشانبي.
العلاقات بين الجماعات الدينية ودية عموما، على الرغم من أن هناك بعض القلق بين زعماء الطوائف الأسلامية من أن الأقليات الدينية تقوض وحدة وطنية. هناك قلق بالنسبة للمؤسسات الدينية تصبح نشطة في المجال السياسي. الحزب الإسلامي النهضة (الحزب الثورى المؤسسى)، وهو مقاتل كبير في الحرب الأهلية 1992-1997 وآنذاك دعاة إنشاء دولة إسلامية في طاجيكستان، لا يشكل أكثر من 30٪ من الحكومة من قبل النظام الأساسي. العضوية في حزب التحرير، وهو حزب إسلامي متشدد اليوم الذي يهدف لإسقاط الحكومات العلمانية وتوحيد الطاجيك تحت دولة إسلامية واحدة، غير قانوني والأعضاء هم عرضة للاعتقال والسجن. أعداد المساجد الكبيرة المناسبة لأداء صلاة الجمعة محدودة وبعض من بأن هذا هو تمييزي.
وبموجب القانون، يجب أن الجماعات الدينية تسجيل من قبل لجنة الدولة للشؤون الدينية ومع السلطات المحلية. تسجيل مع يتطلب ميثاق الأمم المتحدة، لائحة من 10 أو أكثر من أعضاء، والأدلة من موقع الصلاة على موافقة الحكومة المحلية الموقع. لا يسمح للجماعات الدينية الذين لم يكن لديك الهيكل المادي لجمع علنا للصلاة. يمكن عدم التسجيل يؤدي إلى فرض غرامات كبيرة وإغلاق مكان للعبادة. هناك تقارير تفيد بأن التسجيل على المستوى المحلي من الصعب أحيانا الحصول عليها. ويحظر على من هم دون سن ال 18 أيضا من الممارسات الدينية العامة.