إن تاريخ تطور الفيروسات كان في أوائل القرن العشرين حيث تم تقديم ثلاث فرضيات كلاسيكية لأصل الفيروسات، وهم: [2]
- تقول النظرية الأولى أن الفيروسات تطورت من جزيئات معقدة من البروتين والحمض النووي قبل ظهور الخلايا للمرة الأولى على الأرض.
- تقول النظرية الثانية أن الفيروسات ربما كانت ذات مرة خلايا صغيرة تطفلت على خلايا أكبر منها.
- النظرية الثالثة تقول أن الفيروسات تطورت من الحمض النووي أو الحمض النووي الريبي الذي هرب من جينات كائن أكبر.
وقد أظهرت الأبحاث في النصف الأخير من القرن العشرين ثورة حول معرفتنا بالطبيعة الفيزيائية للفيروسات، ولكن التقدم في فهم أصل الفيروسات يفتقر بشكل واضح إلى العديد من الأمور، ولكن تم إدراك أن الفيروسات لا تكون مجموعة أحادية النواة وأنها أكبر من ذلك، وفي وقتنا هذا يمكن إعادة صياغة الفرضيات الكلاسيكية الثلاث مع تطورات طفيفة فقط.