الثقافة الفرنسية تسيطر على التعليم منذ الاستقلال، فقد ظل الفرنسيون يسيطرون على مجال التعليم تدريسا ولغة واشرافا على الرغم من قلة المدارس الثانوية والأساسية وشح التعليم العالي، بلغ الصراع الثقافي في ذروته ما بعد السبعينات وذلك حينما عاد الجيل المتخرج من المدارس العربية والجامعات والمعاهد العليا في الوطن العربي، سارع هؤلاء افتتاح مدارس اهلية باللغة العربية وعلى نطاق واسع، فأفتتحت جامعة الامام محمد بن سعود الإسلامية معهدا شمل المراحل الأساسية والثانوية ومرحلة ما فوق الثانوى. التعليم في جيبوتي مجاني وإلزامي بين سن 6 و 12. على الرغم من أن التعليم مجاني لكن هناك نفقات إضافية (على سبيل المثال، النقل، والكتب) قد تمنع الأسر الفقيرة من إرسال أطفالها إلى المدارس.في عام 1996، بلغ إجمالي معدل الالتحاق بالمدارس الابتدائية 38.6 في المئة، وبلغ صافي معدل الالتحاق بالمدارس الابتدائية 31.7 في المئة. كل من الإجمالي ومعدلات الالتحاق الصافية هي أقل بالنسبة للإناث من الذكور. ولم يتسن الحصول على معدل الالتحاق بالتعليم الابتدائي في عام 2001.في حين بلغت معدلات الالتحاق تشير إلى وجود مستوى من الالتزام والتعليم، وأنها لا تعكس دائما مشاركة الأطفال في المدارس.